总督河道工部尚书潘季驯则是上疏分析了此事，他就认为此案定有蹊跷，他多年总督漕运，在运河上漕船倾覆，损失漕粮确实是非常常见的事情，但是多者不过万余石，像这样一次就损失漕粮二十余万石的事情，还从未发生过，何况运河经过潘季驯的治理之后，已经没有之前那么危险了，还发生这样的事情，是不能理解的。