其中运军兑运者达三百八十万石，主要由淮安仓转运存储，支运粮仅占十分之三四，由徐、临、德等仓转运。淮安水次仓的地位大大增强，不仅是江南漕粮转运的起点，而且收粮数目巨大，江南数省的漕粮几乎都是从此处装船北运。
朱载坖命令潘季驯等人对这些水次仓予以检查，同时命令浙直总督杨继盛查照隆庆十三年漕粮和起运钱粮数目，与水次仓的数目进行比对。