同时给五军都督府配齐佐贰官，命令五军都督府会同卫尉寺、锦衣亲军等，领导天下的都司卫所，清查军籍。
而霍冀在致仕之前，也向朱载坖上疏，一来是谈了自己对大明国防的看法，二来就是对现在的官军将领予以点评，推荐了几个将领。